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主要工作包括：

1. 调查内容包括鱼类区系组成、种群结构和分布、渔获物、鱼类生物学、鱼类重要生境、鱼类早期资源、渔业资源、威胁因子和保护状况等。

2. 评估调查水域鱼类物种多样性状况，珍稀濒危物种种类、数量、受威胁状况和保护情况，鱼类栖息地状况，鱼类多样性保护成效和保护空缺。

3. 根据鱼类资源的评估结果，出具有针对性和可行性的鱼类资源保护或补救措施，用以保护现有渔业资源和恢复被破坏的渔业资源。