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主要工作包括：

1. 运用物理、化学或者生物等方法对水生生态系统或者水生生态系统中的生物因子、非生物因子状况及其变化趋势进行测定、观察。

2. 分析受工程影响河段水生生态及水生生物的变化情况，评价工程对水生生态及水生生物多样性的影响。

3. 根据水生生态监测的评价结果，确定是否需要优化或采取进一步的水生生态环境保护措施，用以减轻工程对水生生态的不利影响，保护现有水生生态和恢复被破坏的水生生态。